Niestety nawet kosmetyki naturalne mogą mieć wady. W przeciwieństwie do zwykłych kosmetyków te naturalne działają trochę wolniej, natomiast rezultaty ich działania utrzymają się nieco dłużej. Preparaty naturalne mają krótszy okres ważności, ponieważ nie zawierają sztucznych konserwantów a jedynie czyste i naturalne składniki. Kolejną wadą jest to, że mogą pozostawić na skórze lekki lepki film. Niektórzy narzekają na ich zapach- wszystko z powodu stosowania naturalnych olejków eterycznych zamiast syntetycznych perfum. Kosmetyki organiczne mogą również powodować stany alergiczne skóry, ze względu na dużą zawartość substancji naturalnych. Oczywiście reakcja alergiczna może również wystąpić po zastosowaniu zwykłych kosmetyków, na to nie ma reguły. Jedyną radą na zapobieganie alergiom jest testowanie kosmetyków przed zakupem. Wykonuje się to przez posmarowanie wewnętrznej strony nadgarstka preparatem który mamy zamiar zakupić. Jeżeli po upływie kilku godzin nie wystąpi reakcja alergiczna, swędzenie bądź zaczerwienienie można bez obaw zakupić dany kosmetyk.